IVT技术在mRNA生产中的关键作用
在mRNA生产工艺中,IVT(In Vitro Transcription)是最为核心的步骤。一个良好的IVT体系不仅可以提升产量、减少物料消耗和降低成本,同时也能确保mRNA分子的完整度、加帽率以及双链RNA杂质含量等关键质量指标的表现,从而简化下游纯化工艺。在这一过程中,IVT反应整体比较简单,标准的IVT体系主要包括DNA模板、T7 RNA聚合酶、NTPs、无机焦磷酸酶、RNase抑制剂及反应缓冲液等成分。
DNA模板通常是PCR产物或线性化质粒,其结构包含T7启动子、5’UTR、CDS、3’UTR和Poly(A)等重要元件;NTP作为mRNA转录的底物,可以通过替换为修饰核苷酸以达到提高稳定性和免疫原性等目的;无机焦磷酸酶与RNase抑制剂则提供辅助支持,前者通过水解转录过程中产生的大量焦磷酸来提高反应效率,后者则控制可能存在的RNase污染;而最核心的T7 RNA聚合酶负责识别DNA模板并将其转录为mRNA。
T7 RNA聚合酶对IVT体系的影响
在IVT体系中,T7 RNA聚合酶能够特异性识别T7启动子序列,并在与DNA模板结合后催化RNA的合成。与其他RNA聚合酶相比,T7 RNA聚合酶无需额外蛋白质或辅助因子即可完成转录,因而成为体外转录生产mRNA的理想选择。T7 RNA聚合酶的结构类似于握住的右手,其N端和C端结构域分别包含不同功能的亚结构域,DNA模板则结合在这些亚结构域之间的缝隙中。
为了解决IVT反应中温度对长片段saRNA完整度的影响,研究发现温度的变化对saRNA的产量与完整性有显著的作用,优化低温转录的T7 RNA聚合酶是新的研究方向。在高温条件下,T7 RNA聚合酶的热稳定突变体已被报道,能够降低3’端过度延伸导致的双链RNA杂质。同时,高温制备的IVT产物在细胞转染后的免疫原性相对偏低。
Buffer体系的重要性
尽管拥有高性能的酶至关重要,反应buffer的优化同样关键。IVT buffer通常含有多种组分,如盐类、pH缓冲剂和二价阳离子等,这些成分的浓度和比例直接影响RNA聚合酶的活性、特异性和稳定性。研究表明,适宜的pH值和镁离子浓度对提高转录产量至关重要。合适的pH范围通常接近中性,但不同的RNA聚合酶在不同的pH条件下可能表现出不同的最佳活性。
例如,推荐的镁离子浓度在40-60mM,可以显著提升mRNA的产量。此外,高温条件下的IVT反应,合适的Mg2+浓度也显得尤为重要,研究显示2000nt及4000nt长度mRNA的最佳镁离子浓度各不相同,这对达到高产量和高完整度至为关键。
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